所谓的北洋海军军费，指的是根据清政府的指拨，用于维持北洋海军的日常经费。清政府创议北洋海军开始，所定的经费为每年200万两银，主要从海关税收和一些沿海省份征收的厘捐中拨付。最初的办法是由各处各自汇解给北洋大臣，但由于汇解不足额，北洋海防实际每年仅能收到约80万两银。清政府设立总理海军事务衙门之后，北洋海军的经费改由各处汇解给海军衙门，再有海军衙门统一拨给北洋海军，但在解款程度上仍未有好转，北洋海军每年能够收到的经费只有100万两左右。

  事实上颐和园工程所挪用的海军经费，和北洋海军没有任何关系，而是海军衙门经费。海军衙门是清末一个十分特别的中央级杨武机构，虽然冠以“海军”的名字，但设立之初的目的是用来分解总理衙门的权力，包括矿务、铁路、电报这些业务，而这些也都属于海军衙门的管辖范围。

  1887年光绪帝亲政，慈禧形式上归于退休，醇亲王被任命为主持颐和园的新修。这项任命可谓极富深意，修颐和园需要筹措大笔经费，而实为洋务建设衙门的总理衙门经管大量经费开支，颐和园修完，也就意味着慈禧太后将远离紫禁城，光绪皇帝可以渐渐独立，这对光绪皇帝的生父、掌管海军衙门的醇亲王自然是一种特殊的动力。果不其然，接受园工后，醇亲王便陆续从海军衙门掌管的经费里向颐和园工程挪款。不过需要注意的是，醇亲王挪动的是海军衙门经费，同一时期北洋海军的军费并没有收到任何侵占，海军衙门经费和北洋海军军费显然不能混为一谈。

  除了挪用海军衙门经费外，颐和园工程所挪用的带有“海军”色彩的经费还有两部分。其一就是海防捐，即以海防的名义募集社会捐资，以虚假的官衔等作为回报，类似于封建时代常见的卖官。所得的海防捐，虽然大部分进入了园工，一部分成了铁路建设经费，但这笔钱原本就不属于北洋海军，没有用于北洋海军也就不能视为挪用。

  另外一笔挪至颐和园的“海军”经费，在档案中有一个专用的名词，称为“海军巨款”。

  1888年10月底，醇亲王致函李鸿章，透露“万寿山工程用款不敷”，嘱其与各地督巡抚设法筹款200万两。李鸿章悟出此乃慈禧的旨意，立即通报两广总督张之洞、两江总督曾国荃等人。各地督抚心领神会、争先恐后，结果合计集款竟达260万两。为了掩人耳目，故意将这笔款项称为“海军军费”。更有意思的是，督抚们虽然向皇太后行了贿，却害怕同样的索贿经常发生而难以应付，所以大家要为自己留下余地，不能显得地方财政过于富裕。同时，在清末，修园本来就是一个敏感的话题，同治年间复修圆明园的争议在许多人的脑子里还记忆犹新，督抚们当然也会小心翼翼地顾忌自己身后的名声。所以两江总督张之洞就在奏折里明白地告诉皇帝，粤省虽然认筹100万两，第一期应付的五万两也已划出，但现在一时难以制定专款名目，故只能先向百川通商号借垫。其他各省的划款途径，还有盐斤加价、地丁收入等。

  需要说明的是，醇亲王、庆郡王主持园工，筹措经费，甚至在工地上张贴的告示也落的是海军衙门的款，给人以海军衙门即颐和园工程处的印象，但两者毕竟是有区别的，修园经费也非海军衙门独任。各地的资金陆续认缴后，并没有拨入颐和园工程，而是全部存进天津的外国银行和洋务企业，以所得的利息贴补颐和园，而本金则号称将来用于海军建设。

  甲午战争爆发后，慈禧颁下懿旨，命令将“海军巨款”本金如数提出，用以购买军火。因为存期未满等原因，先只提出158万余两。由此可见，颐和园工程只不过是以海军名义敛财，并不能简单算作挪用海军经费。在颐和园工程修建期间，户部上奏禁止海军外购军火，才是海军发展完全桎梏的原因。（据《百家讲坛》）